Nejvýznamnější nedostatky kontroloři odhalili při prověřování veřejných zakázek. Šlo například o dělení zakázek nebo o omezování uchazečů, když byli přímo oslovováni konkrétní zájemci, místo aby se konalo otevřené výběrové řízení. Například Ministerstvo dopravy v kontrolovaném období uzavřelo s jedním člověkem postupně pět smluv na poradenské služby v oblasti kosmických aktivit. Všechny smlouvy měly stejný předmět plnění. První z nich za 1,7 milionu korun ministerstvo zadalo v jednacím řízení bez uveřejnění, další čtyři za celkem 4,2 milionu korun pak jako zakázky malého rozsahu. Obdobný postup zvolilo například i Ředitelství vodních cest, když zakázku na právní služby za celkovou částku 3,8 milionu korun rozdělilo do dvou zakázek malého rozsahu, které pak zadalo jednomu poskytovateli v lednu a dubnu 2012.

Mnohdy kontrolované subjekty ani nedokázaly doložit nezbytnou dokumentaci k veřejným zakázkám, případně jaké služby za své peníze získaly. Například Ředitelství vodních cest běžné personální a účetní práce zadávalo fyzickým osobám. Třeba v roce 2012 ho to přišlo na 472 tisíc korun. K tomu, jak poskytovatele těchto služeb vybralo, ale ředitelství nepředložilo žádné doklady. Ústav pro odborné zjišťování příčin leteckých nehod měl na ekonomické činnosti příkazní smlouvu s poskytovatelem, kterému v kontrolovaných letech zaplatil 1,8 milionu korun. V tom byly zahrnuty práce nad rámec smlouvy za víc než 641 tisíc korun. V dokladech ale chyběly údaje, o jaké služby se jednalo, případně o jejich časové náročnosti.

Vysoké náklady odhalili kontroloři i u výdajů na reklamní a dárkové předměty, na pohoštění nebo některé nákupy. Například Ředitelství vodních cest mělo náklady na reprezentaci v roce 2013 šestkrát vyšší než v roce 2010. Jejich podstatnou část tvořily útraty za pohoštění. Ředitelství předložilo neúplné doklady, přesto z nich ale bylo patrné, že peníze za pohoštění a občerstvení byly propláceny stejnému zaměstnanci, který je zároveň schvaloval. Ústav pro odborné zajišťování příčin leteckých nehod nakoupil v letech 2011 a 2012 například 100 kusů plaket za 96 tisíc korun, 56 šál za 23 tisíc korun, 35 baterek za 18 tisíc nebo 13 pásků za 13 tisíc korun. Ústav v roce 2011 také koupil běžecký trenažér za 27 tisíc korun.

Nejhůř z kontrolovaných institucí si vedlo Ředitelství vodních cest, které chybovalo téměř ve všech kontrolovaných oblastech, včetně mezd a mimořádných odměn. Šest ze třinácti zaměstnanců ředitelství dostalo v roce 2012 roční odměny ve výši 104 % jejich nárokové složky mzdy. Ředitelství také například uzavíralo dohody s vlastními zaměstnanci na práce, které odpovídaly jejich pracovní náplni.

NKÚ na základě svých zjištění odhaduje, že kontrolované instituce mohly v daných letech ve zmíněných oblastech ušetřit minimálně 6 % nákladů, což představuje 88 milionů korun. U Ředitelství vodních cest se odhad možných úspor pohybuje dokonce kolem 13 % nákladů.