Nejvyšší kontrolní úřad se zaměřil na hospodaření Ministerstva dopravy a jeho organizačních složek, konkrétně Ředitelství vodních cest ČR, Státní plavební správy, Úřadu pro civilní letectví a Ústavu pro odborné zjišťování příčin leteckých nehod. Kontroloři prověřili například výdaje za informační a komunikační technologie, kancelářský materiál, opravy a údržbu osobních aut, ale i náklady na cestovné, reprezentaci, právní, poradenské a konzultační služby nebo na mzdy. V kontrolovaných letech 2010 až 2013 dosáhly celkové výdaje v kontrolovaných oblastech 2,7 miliard korun.