Strategie se každý rok podle aktuálního stavu upravuje budování kanalizací a čistíren odpadních vod tak, aby byl splněn termín stanovený směrnicí Evropské komise, 31. prosinec 2010. Do tohoto data musí mít všechny obce přesahující dva tisíce obyvatel adekvátně zajištěno čištění odpadních vod. Celková výše prostředků na splnění všech požadavků směrnice dosáhne 49 miliard korun. „Abychom zjistili aktuální stav, oslovili jsme všechny obce, jichž se směrnice o čištění městských odpadních vod dotýká. Celkem 134 obcí není v současnosti připraveno na výstavbu čistírny odpadních vod nebo kanalizace,“ uvedl ministr zemědělství Petr Gandalovič. Zmíněné obce podle Gandaloviče ministerstvo zemědělství osloví dopisem, ve kterém budou upozorněny na nutnost směrnici naplnit. Zároveň budou v dopise popsány možnosti financování. Přibližně čtvrtinu nákladů z celkových 49 miliard korun ponesou obce, zbývající část by měly pokrýt dotační tituly ministerstva životního prostředí, včetně Fondu soudržnosti, a ministerstva zemědělství. Problematickým se jeví omezení evropské komise týkající se délky provozních smluv obcí a firem zajišťujících dodávky vody a její čištění. U dlouhodobých smluv však chce Evropská komise omezit možnosti čerpání z operačního programu životní prostředí, který je pro výstavbu kanalizace a čistíren odpadních vod hlavním zdrojem prostředků.