Kontrolovanou společností bylo ŘSD a v rámci ní byly kontrolovány generální ředitelství, závody Brno a Praha a správy Brno, Hradec Králové, Jihlava, Olomouc, Pardubice, Praha a Zlín. Kontrolovány byly roky 2005 a 2006, v případě věcných souvislostí i období předchozí a období do ukončení kontroly. ŘSD se k věci vájdřilo ve své tiskové zprávě následovně: „Úvodem konstatujeme fakt, že kontrola se věcně týkala let 2005–2006. S ohledem na personální změny, včetně změny nejvyššího vedení organizace, které proběhly v uplynulém půl roce tak u zjištěných objektivních nedostatků za ně zodpovědní vedoucí zaměstnanci ve většině případů již nejsou ve svých funkcích.“ „Přesto považujeme celkové vyznění tiskové zprávy NKÚ za nevyvážené, neboť zjištění nejsou uváděna v souvislostech.“ Prověřovány byly především činnosti týkající se vybraných nákladů na zajištění provozu, výběru dodavatelů, hospodaření s dlouhodobým majetkem státu, se zásobami a s pohledávkami. Činnosti přímo související s výstavbou, opravami a údržbou silnic a dálnic jsou předmětem jiných kontrol NKÚ Kontrola navázala na kontrolní akci, při které byla NKÚ prověřována období let 2003 a 2004. K odstranění zjištěných nedostatků uložila vláda ministru dopravy zajistit realizaci a pololetní kontrolu navržených opatření. Generální ředitel ŘSD vydal v dubnu 2005 příkaz k nápravě zjištěných nedostatků. „V rámci kontroly jsme například zjistili nedodržování zákona o veřejných zakázkách u šesti zakázek. Zásadní nedostatky byly v evidenci pozemků a při správě a vymáhání pohledávek, umožněno bylo i bezplatné používání služebních vozidel k soukromým účelům,“ uvedl prezident Dohnal. Cizí pozemky zastavěné pozemními komunikacemi byly podle jeho slov užívány bez vypořádání majetkoprávních vztahů. Řádně nebyly vymezeny ani předměty pronájmů, doklady k nájemním smlouvám nebyly kompletní a výše nájemného nebyly dostatečně zdůvodněny – zejména u pronájmů ploch pro reklamní zařízení a pozemků odpočívek u dálnic, „Zjištěné nedostatky ukazují, že účinnost opatření k odstranění nedostatků zjištěných při kontrolní akci byla minimální. Řada nedostatků odstraněna nebyla (např. v evidenci pozemků, oblasti nájmů ploch a pozemků, hospodaření s pohledávkami, zadávání veřejných zakázek, používání vozidel pro soukromé účely) nebo byla odstraněna jen částečně (např. rozpočtování a vykazování nákladů na zajištění provozu). K zlepšení došlo pouze v oblastech nákupů materiálu, zahraničních služebních cest a hospodaření s finančním majetkem,“ konstatoval prezident Dohnal. Některé nedostatky byly podle něho zjištěny nově. Například nevypořádané užívání cizích pozemků či neúčtování o vytěženém materiálu. Ředitelství silnic a dálnic zprávu doplnilo: Například konstatování o zjištění nedostatků „u 6 veřejných zakázek“ je třeba dát do souvislosti s faktem, že v kontrolovaném období ŘSD ČR zadalo množství zakázek vyjádřené trojciferným číslem, tudíž procentuální míra chybovosti je dle názoru vedení přijatelná. Pokud by byl uveden objem zakázek v korunách, je tento poměr ještě příznivější. Navíc konstatované „nedodržování zákona“ se většinou týkalo administrativních nedostatků, které neměly vliv na základní principy zadávacích řízení, kterými jsou princip transparentnosti a nediskriminace. Evidence pozemků je letitým problémem, který začal být řešen až minulým vedením organizace a v současné době jsou přijímána opatření k dalšímu zlepšení. Část řešení problému však stojí mimo ŘSD ČR, protože na konci problému je nutnost finančního vypořádání s majiteli cizích pozemků, na kterých leží provozované komunikace, přičemž finanční prostředky na tyto kompenzace jsou přirozeně limitovány. Je na zvážení, zda takto rozsáhlý problém, jehož počátky mnohdy sahají až do období jiného společensko-politického uspořádání naší země, mohl být i při nejlepší péči vyřešen během dvou let, které mezi kontrolami uplynuly. Zcela zavádějící je pak tvrzení o „bezplatném“ užívání služebních vozidel pro soukromé účely. Každý zaměstnanec, kterému je takovéto využívání umožněno je podle platných daňových předpisů zatížen v dani z příjmu a rovněž si hradí spotřebované pohonné hmoty. Konstatování NKÚ, vztažené k zákonu „o majetku České republiky“, je ovlivněné právním názorem úřadu. ŘSD ČR disponuje právní analýzou, že tato právní norma by na smluvní vztah s uživateli vozidel pro soukromé účely neměla být uplatňována. Závěrem je však třeba opakovaně konstatovat, že řadu zjištění považuje vedení ŘSD ČR za zcela objektivní a chápe jejich závažnost, zejména v oblasti hospodárného využívání svěřeného majetku České republiky (pronájem ploch a pozemků) a právními vztahy s tím souvisejícími (zejména hospodaření s pohledávkami). Na tyto dílčí problémy se vedení ŘSD ČR zaměří. Stejně tak je připravována řada změn systémových, která nebude řešit jen důsledky, ale i příčiny zjištěných nedostatků. Jedná se o soubor reorganizačních opatření, zejména o uplatnění metod projektového a procesního řízení, sjednocení postupů práce v rámci organizace, centralizaci některých činností či převod některých činností do outsourcingu.