NKÚ analyzoval data z informačního systému veřejných zakázek i dalších zdrojů. Kontroloři spočítali, že v letech 2009 až 2012 ministerstva zadala veřejné zakázky za 52 miliard korun. Víc než 37 % z nich přitom ministerstva zadala v jednacím řízení bez uveřejnění, tedy bez otevřené soutěže. U zakázek na ICT je přitom tento podíl ještě markantnější – ze zakázek za 11 miliard bylo zadáno 62 % přímo konkrétnímu dodavateli bez otevřené soutěže.

U Ministerstva obrany tvořil podíl zakázek zadaných v jednacím řízení bez uveřejnění 61 % všech zakázek na ICT. Když k tomu kontroloři přičetli i zakázky, u nichž ministerstvo využilo výjimek podle zákona o veřejných zakázkách, stoupl v kontrolovaném období podíl zakázek na ICT zadávaných bez soutěže na 72 %.

Při kontrole konkrétních informačních systémů Ministerstva obrany kontroloři zjistili, že za roky 2009 až 2012 ministerstvo investovalo do jejich úprav a modernizace 709 milionů korun. Celou polovinu této částky přitom tvořily nucené investice vyvolané změnami nejrůznějších zákonů a dalších právních předpisů.

Smluvní vztahy mezi Ministerstvem obrany a dodavateli kontrolovaných informačních systémů trvají až dvacet let. Tito dodavatelé přitom s ohledem na to, že vlastní k systémům autorská práva, získávají zakázky v jednacím řízení bez uveřejnění, tedy bez soutěže.

Kontroloři také zjistili, že konečné ceny zakázek se na 99 % shodovaly s cenami předpokládanými, které nepřímo určovali právě dodavatelé. Ministerstvo přitom nikdy neporovnalo ceny svých dodávek s cenou obvyklou u srovnatelného aplikačního vybavení. Vzhledem k tomu, že si ministerstvo ani nezajistilo autorská práva a vlastnictví licencí, nemůže další aktualizace a úpravy systémů zadat nikomu jinému než dosavadním dodavatelům. MO smluvní vztah u žádného z dlouhodobě užívaných systémů nezrevidovalo.

Ministerstvo obrany porušilo zákon o veřejných zakázkách, když v rámci dvou zakázek v jednacím řízení bez uveřejnění nakoupilo i nové verze komerčního softwaru za 88 milionů korun. Tento software ale dodávají i jiní prodejci, a tak mohl být vysoutěžen v otevřeném řízení, což mohlo pozitivně ovlivnit jeho cenu.

Vliv otevřeného řízení na snížení ceny zakázky dokládá mimo jiné i studie Evropské komise, podle které zdvojnásobení počtu účastníků v soutěži snižuje hodnotu zakázky přibližně o 9 %. Ministerstvo obrany si tento efekt ověřilo na zakázce na nový informační systém, kterou vypsalo v roce 2013. V otevřené soutěži vítězná nabídka nakonec dosáhla pouhých 37 % předpokládané ceny.