Za období 2002–2007 bylo investováno z dotačního programu MZe do protipovodňových opatření celkem 3 420,991 mil Kč. Finanční prostředky jsou rozloženy mezi všechny subjekty. Nejvíce však bylo investováno v Povodí Moravy a to 1 232,932 mil. Kč. Zhruba desetinu z celkových povodňových škod činily škody na státním vodohospodářském majetku a to v objemu 14,5 mld. Kč. Na odstranění těchto škod Ministerstvo Zemědělství dosud vynaložilo celkem 9 mld. Kč. Další finanční prostředky přišly ještě z jiných zdrojů, např. přímo od investorů. Odstraněny je drtivá většina škod, v současnosti zbývá vyřešit jen odbahnění nádrží a dořešit škody z loňských letních povodní. Zabahnění nádrží je v měřítku kdy je mu zapotřebí věnovat pozornost, ale nijak neomezuje ochranný prostor nádrží a nejedná se tedy o přímou hrozbu při případných povodních. V rámci další etapy plánované na léta 2007 – 2012 je připravena suma zhruba 10 mld. Kč. Z těchto prostředků by měly být realizovány projekty vedoucí k dalšímu rozvoji protipovodňových opatření, bude zároveň kladen důraz na studie vymezující záplavová území. V tomto programu jsou zahrnuty zkušenosti s povodněmi v ČR a je kladen důraz na systematičnost řešení a na co největší efekt v nejrizikovějších oblastech. Tyto oblasti byly identifikovány v průběhu povodní v posledních deseti let. Dalším krokem je program čítající zhruba 4 mld. Kč. Směřující na rekonstrukce a odbahnění rybníků a malých vodních nádrží, které by se díky tomuto programu měly více zapojit do protipovodňové prevence, což znamení zejména ochranu menších sídel a zabránění lokálním záplavám. Dle studií Mze by bylo zapotřebí vynaložit na protipovodňová opatření do roku 2021 zhruba 50 mld. Kč. V současnosti se jako největší problém při budování protipovodňových preventivních opatření neukazuje nedostatek peněz, ale roztříštěná držba pozemků v ČR a s tím spojené komplikované řešení majetkoprávních vazeb při budování těchto opatření. V tomto směru je připravováno zjednodušení v novele zákona o vodách, které by mělo umožnit rychlejší řešení majetkoprávních vypořádání a tím i rychlejší budování protipovodňových opatření.