Komplexní audit Ministerstva obrany je vymezen jako procesní, organizační, funkční a informační audit. Je zaměřen na celé Ministerstvo obrany a bude tak bez výjimky proveden u všech organizačních útvarů ministerstva. Navíc budou auditovány i některé vybrané přímo podřízené organizační útvary. Předpokládá se, že se prověří všechny procesy, a to jak v horizontální, tak vertikální úrovni. Dále byly vybrány tři průřezové procesy, v kterých má resort největší problémy, a ty budou auditovány vertikálně v celém rozsahu od ministerstva, přes operačně-taktická velitelství až do vybraných zařízení a útvarů. Tyto průřezové procesy se týkají především plánování a akvizičního procesu. Předokládá se, že vlastní komplexní audit MO bude zahájen na podzim 2007. Komplexní audit MO je jednou ze tří priorit ministryně obrany, z tohoto důvodu je kladen velký důraz na jeho přípravu, především na transparentnost veřejné zakázky. Resort úzce spolupracuje i s Transparency International, která se zaměřuje především na omezování korupčních příležitostí ve veřejné správě. Vedení resortu zpracovalo informačně-komunikační strategii k objasnění cílů přípravy a provedení auditu. Jejím cílem je komunikace s veřejností, s vlastními zaměstnanci, ale i odborovým sdružením resortu. Cílem komplexního auditu MO je především zefektivnění činnosti resortu, zjednodušení systému řízení, odstranění duplicity a jednoznačné stanovení odpovědnosti, ale i získání přehledu o procesech a jejich optimalizaci.