Zavedením DPH balíčku EU budou ovlivněny zejména oblasti podle určení místa zdanitelného plnění.

Dojde ke změně pravidel, která určují režim uplatňování DPH u služeb poskytovaných přes hranice států. Bude zaveden princip zdanění v místě spotřeby služby, což povede ke zvýšení objemu služeb poskytnutých do zahraničí, které nebudou předmětem DPH ve státě poskytovatele, ale ve státě, kde se nachází příjemce služby. U přeshraničních služeb poskytnutých po 1. lednu 2010 musí tedy společnosti věnovat pozornost tomu, kde se podle nových pravidel nachází místo zdanitelného plnění dané transakce, a která osoba má tedy povinnost účtovat o DPH. Novela bude mít tedy největší dopad na mezinárodní společnosti, které poskytují nebo přijímají služby do/ze zahraničí. Zejména bude nutné upravit nastavení účetních systémů tak, aby tyto služby byly správně zdaněny a vykázány pro účely DPH. Případné nedodržení nových pravidel po datu účinnosti DPH balíčku EU vystavuje společnosti riziku pokut.

Zvláštní režim bude také pro pro elektronické služby. Ten se doposud vztahoval na poskytovatele služeb ze států mimo EU, bude rozšířen i na telekomunikační a rozhlasové služby. Toto opatření může mít výrazný dopad na společnosti se sídlem v Evropské unii i mimo ni.

Povinnost vykazovat DPH balíček EU zavádí povinnost vykazovat služby poskytnuté do jiných členských států EU, podobně jako je v současnosti vykazováno zboží prostřednictvím Souhrnného hlášení. Společnostem se tak zvýší administrativní zátěž. Při nedodržení oznamovací povinnosti jsou společnosti vystaveny riziku penále.

Vrácení daně na základě směrnice

Změny se týkají i mechanismu, který nyní umožňuje evropským společnostem žádat o vrácení DPH zaplacené v jiných členských státech Evropské unie, kde není společnost registrována pro účely DPH. Nový systém zavádí:

- elektronické podávání žádostí,
- detailní časový plán pro zpracování žádostí a
- právo na vyplacení úroku z prodlení v případě, že bude nárokovaná DPH vrácena se zpožděním.