Vzhledem k tomu, že tento systém hrazení regulačních poplatků byl postupně zaváděn všemi kraji, přičemž každý z těchto krajů přistupoval k poskytování \"finančních darů\" jiným způsobem, resp. v jiné konstrukci a dokonce s využitím jiných dokumentů, považovalo Ministerstvo vnitra za vhodné analyzovat celou věc komplexně a s ohledem na všechny existující zaváděné varianty systémů úhrad. Podrobným rozborem získaných materiálů dospělo Ministerstvo vnitra k názoru, že úhrady regulačních poplatků za pacienty z krajských rozpočtů, ať již poskytovaných formou darovacích smluv uzavíraných mezi kraji a konkrétními pacienty či přímou refundací těchto poplatků, by mohly být v rozporu s principy dobré správy, konkrétně s principem legality.

- ČSSD: Nalákali jsme vás, ale poplatkům ve zdravotnictví se nevyhnete
- Regulační poplatky přinesly úsporu 10 mld korun
- Zdravotnictví: Příliš drahých 30 korun

Kraje byly podle Ministerstva upozorněny na rozpor jejich postupu s principy dobré správy a požádány o přehodnocení jejich způsobu refundace regulačních poplatků tak, aby nedocházelo k porušování principu zákonnosti postupu orgánů veřejné správy.

Zmíněná novela zákona o veřejném zdravotním pojištění byla Poslaneckou sněmovnou Parlamentu ČR schválena, Senát však návrh zákona vrátil s pozměňovacími návrhy. O vráceném návrhu zákona bude Poslanecká sněmovna znovu jednat na své schůzi zahájené dne 8. září 2009. Další postup Ministerstva vnitra tak bude odvislý rovněž od výsledků tohoto zákonodárného procesu.

Informace o postupu Ministerstva vnitra podle zákona o krajích:

Je-li usnesení, rozhodnutí nebo jiné opatření orgánu kraje v rozporu se zákonem nebo jiným právním předpisem a nejde-li o obecně závaznou vyhlášku kraje, vyzve ministerstvo kraj ke zjednání nápravy. Nezjedná-li příslušný orgán kraje nápravu do 60 dnů od doručení výzvy, pozastaví ministerstvo výkon takového usnesení, rozhodnutí nebo jiného opatření orgánu kraje.

Nezjedná-li příslušný orgán kraje ve stanovené lhůtě nápravu a není-li proti rozhodnutí ministerstva podán rozklad, podá ministerstvo do 30 dnů od uplynutí lhůty pro podání rozkladu příslušnému soudu návrh na zrušení usnesení, rozhodnutí nebo jiného opatření orgánu kraje.

Zjedná-li příslušný orgán kraje nápravu ve stanovené lhůtě, ministerstvo své rozhodnutí o pozastavení výkonu usnesení, rozhodnutí nebo jiného opatření orgánu kraje zruší neprodleně poté, co obdrží sdělení kraje o zjednání nápravy.