Evropská komise se domnívá, že různá míra daňového zatížení nafty mezi členskými státy narušuje trh a způsobuje také poškozování životního prostředí tím, že podporuje „naftový turismus”, při kterém řidiči často volí delší trasy s cílem natankovat v zemi s nejnižší cenou. Komise také argumentuje tím, že z ekologického hlediska je negativní dopad nafty a benzínu v souvislosti s emisemi CO2 stejný, což také poukazuje na neopodstatněnost různých daňových sazeb pro tyto dva typy pohonných látek. Komise proto připravila novelu směrnice 2003/96/ES, v které navrhuje zvýšit v celé EU minimální sazbu daňového zatížení nafty na stejnou úroveň, jaká je v EU stanovená pro minimální sazbu daně z bezolovnatého benzínu. Pomalejší zvyšování Poslanci nicméně s návrhem na zvýšení sazby daně z nafty souhlasí, i když by toto opatření mělo být podle jejich názoru zavedeno pomaleji, než navrhuje Komise. Podle zprávy poslance Olleho SCHMIDTA má být minimální sazba 302 EUR/1000 litrů postupně zvýšena na 359 EUR/1000 litrů do roku 2015, a nikoli do roku 2012, jak navrhuje Komise. Litva, Lotyšsko, Polsko, Bulharsko a Rumunsko by přitom měly mít možnost dosáhnout tohoto cíle do roku 2016. Na rozdíl od návrhu Komise se Parlament domnívá, že Španělsko, Rakousko, Belgie, Lucembursko, Portugalsko a Řecko přechodné období pro zavedení tohoto opatření nepotřebují. Žádné další zvyšování Parlament také odmítá záměr Komise v roce 2014 dále zvýšit minimální sazby za obě pohonné látky (naftu a bezolovnatý benzín) na 380 UER/1000 litrů. Poslanci se kromě toho domnívají, že státy, které již uplatňují daňovou sazbu nad 400 EUR/1000 litrů v případě nafty a 500 EUR/1000 litrů v případě bezolovnatého benzínu, by tyto daně do roku 2015 neměly dále nezvyšovat. Pozice České republiky Česká republika nemá k legislativnímu návrhu Komise žádné zásadní výhrady, a to z toho důvodu, že tento návrh odstraňuje konkurenční zvýhodnění motorové nafty vůči bezolovnatému benzínu. S ohledem na posilování české koruny platné sazby daní z obou pohonných látek v ČR minimální úrovně uvedené v návrhu Komise již dosahují.